嘉兴海底沉管进行管段基槽爆破开挖过程中，不可避免地会发生超挖现象，管段沉放就位并接通成整体后则成为多跨简支连续梁结构，管段基底充填密实前对隧道的整体受力与安全十分不利，因此需要进行管底的基础处理，同时还要对管段的两侧和顶部进行抛石回填锁定与压载，以保证横向的稳定与安全。
竣工后的取水隧道的横断面如图所示。基底处理之前先将管底与两侧的淤泥清理干净，再向底部两侧吹填碎石，碎石的粒径、高压水枪的压力以及碎石的下放速度等参数通过试验得到。管底的中部用注浆充填，形成密实的基床。然后运用钢网兜进行两侧和顶部块石投放，顶部压载厚度不小于2m。后期沉降监测结果表明，基底处理完全满足设计要求。
取水隧道横断面图